Secondo l'art. 6 dello Statuto dell'UCOI, sono Organi dell'Unione:
Assemblea
Organo deliberativo dell'Unione: nomina i componenti del Consiglio Direttivo, del Collegio dei Revisori, del Collegio dei Probiviri e del Centro Studi.
Presidente Emerito
Alla cessazione del mandato di Presidente Effettivo, presiede Assemblee e Consiglio con diritto di voto.
Presidente Onorario
Eletto secondo Statuto; presiede Assemblee e Consiglio con diritto di voto.
Presidente Effettivo
Eletto dal Consiglio Direttivo; rappresenta l'Unione, presiede Assemblee e Consiglio; dura tre anni ed è rieleggibile.
Segretario Generale
Eletto secondo Statuto. In collegamento con il Presidente Effettivo attua le deliberazioni, coordina l'attività e cura gli adempimenti dell'Unione.
Consiglio Direttivo
Organo di governo composto da 16 membri:
- Presidente Emerito, Presidente Onorario, Presidente Effettivo, Segretario Generale,
- 4 Vice Presidenti e 8 Componenti.
Il Consiglio elegge al suo interno il Presidente Effettivo e i quattro Vice Presidenti (max tre possono essere Soci d'Onore). In caso di rinunce o cessazioni può procedere per cooptazione.
Consiglio di Presidenza
Composto secondo Statuto da Presidenze e Segretario Generale; delibera sulle questioni più urgenti.
Collegio dei Revisori
Organo di controllo composto da 7 membri nominati dall'Assemblea, che eleggono Presidente e Vice Presidente. Il Presidente del Collegio partecipa al Consiglio Direttivo con diritto di voto.
Collegio dei Probiviri
Organo giurisdizionale composto da 7 membri nominati dall'Assemblea; i provvedimenti hanno natura obbligatoria ma non vincolante e sono trasmessi al Presidente del Consiglio Direttivo. Il Presidente del Collegio partecipa al Consiglio Direttivo senza diritto di voto.
Centro Studi
Organo di ricerca e analisi composto da 7 membri nominati dall'Assemblea (fino a due possono essere esterni). Il Presidente del Centro Studi partecipa al Consiglio Direttivo con diritto di voto.
Durata delle cariche: tre anni, con possibilità di reincarico.